中國科學院上海生命科學研究院植物生理生態研究所上海昆蟲博物館
現收藏全國各地昆蟲標本100多萬號，保藏著一大批瀕危珍稀昆蟲標本及國際和國內的危險性檢疫害蟲標本，系統地介紹了昆蟲的起源、演化、形態特征、生活習性、昆蟲家族等是我國大型的專業昆蟲館。
中國科學院水生生物研究所淡水魚類博物館
目前亞洲規模最大、收集種類最多的淡水魚類博物館，是中國科學院在國內具有較好基礎的優勢學科之一。通過幾十年的工作，已經收藏了大量的水生生物標本以及相應的科學積累。
中國科學院動物研究所國家動物博物館
國家動物博物館位于中國科學院奧運村園區動物研究所內，是國內外公認的、亞洲最大、研究水平最高、綜合實力最強的動物系統分類與進化研究中心，還將借鑒現代化博物館的主題展示法，采用自然科學與人文科學等多學科的知識集中體現主題，引入4D動感影院等高科技視聽設施，讓深奧的科學哲理變得更加平易近人。
中國科學院南京地質古生物研究所南京古生物博物館
中國科學院和江蘇省共建的南京古生物博物館于2005年12月31日向社會非正式開放，大批南京市民和學生以及學齡前兒童來到博物館，參觀和了解地球和生命進化的故事。新完成的博物館以古生物化石為本，以古無脊椎動物、古植物和微體古生物為主，是目前世界上最大的古生物專業博物館之一。博物館藏品豐富，展品精美，其中尤以“澄江動物群”和包括“中華龍鳥”在內的“熱河生物群”化石標本最為珍貴，堪稱國寶級的化石精品。整個展覽講述一個地球和生命演化歷史的故事，內容包括一個“生命的進化” 主題展和十四個專題展。展覽引人入勝，精彩生動，寓教于樂。
中國科學院昆明動物研究所昆明動物博物館
昆明動物博物館是中國科學院國家知識創新工程的重要項目及中國科學院重點支持的兩大博物館之一，博物館通過動物的姿態標本、骨骼標本、皮張標本、浸泡標本、生態景觀等，按照動物的進化、生息和分布規律，集中反映這些動物的特征、習性、分布等，體現物種和生境的多樣性、生物與環境的統一、人與自然的和諧。
中國科學院西雙版納熱帶植物園熱帶雨林民族文化博物館
博物館位于中國科學院西雙版納熱帶植物園園內，面積2000平方米，外觀體現了傣族建筑的風格。館轄熱帶雨林、民族森林文化展廳和熱帶雨林民族文化研究中心等，是一個集公眾教育、科學研究和文物保存等功能的專業性博物館。